De gemiddelde temperatuur in Tokio bedraagt ongeveer 16 °C, maar er is een groot verschil tussen de verschillende seizoenen. De zomer is erg warm, de lente en de herfst zijn mild en de winters koud. Het temperatuurverschil tussen zomer en winter bedraagt ongeveer 20°C. In de zomer heerst er een vochtige hitte. De temperaturen gaan zelden over de 32°C. Tokio heeft gemiddeld 22 ‘manutsubi’, dagen waarop de temperatuur boven de 30°C stijgt. Het is vooral de vochtigheid, die juist dan naar grote hoogte stijgt, waarmee de meeste toeristen het moeilijk hebben. De Japanners gebruiken de ‘fukai shisu’, een onbehaaglijkheidsindex, die berekend wordt uit de temperatuur en de vochtigheid. De winters zijn koud, maar niet extreem. Gemiddeld is het dan 5°C.
Ben je niet goed bestand tegen de hitte, vermijd een bezoek aan Tokio dan gedurende de zomer. Er is kans op sneeuwval, maar hoogstens een- of tweemaal per jaar. de meeste regen valt in de maanden juni, juli, augustus en september. Tokio kent een regenseizoen, dat begint in juni en aanhoudt tot midden juli. Bereid je er op voor en neem een paraplu mee! De beste periodes om de stad te bezoeken zijn van maart tot mei en van eind september tot november. De temperaturen zijn dan mild en regen komt niet vaak voor.